En la fundación del colegio se unen la misión mandato del Señor y la apremiante necesidad de una escuela en el extenso barrio de Villa México de la zona sud.
Monseñor Tito Solari Cappellari, por entonces, Padre Inspector de los Salesianos en Bolivia solicita a las Hermanas Franciscanas Misioneras del Sagrado Corazón en la persona de la Superiora Regional Sor María Olivia Pian Pozzebon, la presencia de la Comunidad de Hermanas para atender las necesidades pastorales, educativas y de salud de la extensa zona, que en el año 1983 cuenta sólo con una pequeña escuela.
La escuela San Francisco fue fundada el 7 de febrero de 1983 en un galpón multiuso de propiedad de los padres Salesianos, cedido por el párroco de entonces el Padre Antonio Díez del Pozo, comienza a la escuela con dos kinder, dos primeros y un segundo de primaria en condiciones muy precarias.
Su primera directora Antonina Turrina Bolognani, apoyada por los Padres de Familia, solicita Fe y Alegría la inclusión de la naciente escuela en este movimiento de Educación popular, siendo aceptada por la Hermana Gloria Espósito Directora Departamental de Fe y Alegría en el año 1983.
Confiando en la divina providencia, el 2 de junio de 1984 se coloca la primera piedra de la construcción del local, en terrenos cedidos por la Alcaldía en comodato con el arzobispado El aumento de estudiantes, año tras año, impulsa la creación de nuevos cursos distribuyéndose en ambos turnos.
La construcción material se realiza paulatinamente con el aporte de la Iglesia Católica de Alemania, España, Italia y de la congregación de las Hermanas Franciscanas Misioneras del Sagrado Corazón, parientes amigos y también con la colaboración de los padres de familia. Actualmente el edificio cuenta con una amplia cómoda y completa infraestructura.
Durante mucho tiempo los cursos de primaria hasta 5to grado funcionaban en la tarde; y en la mañana 6to grado de primaria hasta cuarto grado de secundaria. Sin embargo el año 2001 y debido al reordenamiento de las Unidades Educativas propiciado por la Reforma Educativa, el turno de la tarde asume nombre de Santa Clara de Asís, con cursos de kínder a cuarto de secundaria con paralelos hasta cuarto grado de primaria y el turno mañana San “Francisco de Asís B” con cursos de kínder a cuarto de secundaria con paralelos de quinto de primaria a cuarto de secundaria.
En el Año 2008 y debido a los peligros a los que se exponían los estudiantes de secundaria del turno de la tarde, que se retiran de clases a las 19:30 la Dirección Distrital de Cercado II, autorizó el reordenamiento de los cursos a partir de la gestión 2009 de la siguiente forma:
Turno mañana “San Francisco de Asís B” de séptimo grado de primaria cuarto grado de secundaria con tres paralelos por nivel.
Turno tarde, “Santa Clara de Asís” de kinder a sexto de primaria con tres paralelos por nivel.
La escuela para las Hermanas Franciscanas Misioneras del Sagrado Corazón es un medio privilegiado para la evangelización, porque se realiza una inmensa formación humana y cristiana a estudiantes profesores y padres de familia, como también una formación integral a través de diversos grupos culturales, artísticos y deportivos.
La organización de padres de familia en Junta Escolar, Delegados de Curso y de Pastoral coadyuva a la participación y colaboración de todos para alcanzar las metas y responder de la manera más comprometida a la mejora de la Calidad Educativa que también forma parte del proyecto de nuestra institución desde la gestión 2006.
Por otra parte es importante aclarar que si bien la fecha de fundación de la Unidad Educativa es el 7 de febrero, tiempo que recién se está iniciando la gestión escolar, se hace difícil una celebración, por tanto ésta se traslada al 4 de octubre, fecha que se celebra la fiesta de nuestro Santo Patrono San Francisco de Asís, motivo para realizar todos los valores que nos dejó como legado: La oración la fraternidad la alegría y la simplicidad, aspectos que requieren tiempo y organización adecuada.
En la actualidad nuestra institución con continúa con su labor de servicio a la juventud de nuestro barrio; es así que la Unidad Educativa brinda una Educación de Calidad, participa en los diferentes concursos tanto de conocimiento, Deporte y danza obteniendo siempre reconocimientos meritorios, todo esto gracias a la entrega y dedicación que prestan los maestros, personal administrativo y de servicio.
En el presente la Unidad Educativa cuenta con 643 estudiantes de primero a sexto de secundaria con tres paralelos cada grado, con 29 profesores y profesoras 4 administrativas una Coordinadora General Sor Maggaly Warthon Loaiza y la Directora Mgr. Mercedes Yolanda Tapia Chávez